Srila Bhaktisiddhanta Sarasvati foi uma das dez crianças nascidas de Bhaktivinoda Thakura, um grande mestre Vaisnava na linhagem de sucessão discipular do Senhor Caitanya. Enquanto vivia em uma casa chamada Narayana Chata, bem perto do templo do Senhor Jagannatha em Puri, Bhaktivinoda Thakura foi contratado para ser um proeminente magistrado distrital, e também atuava como superintendente no templo do Senhor Jagannatha. No entanto, apesar dessas responsabilidades, ele serviu a causa de Krisna com uma energia extraordinária! Enquanto trabalhava para reformar o Gaudiya Vaisnavismo na India, ele orava ao Senhor Caitanya: “Seus ensinamentos foram muito depreciados e não tenho poder para restaurá-los.” Dessa forma, ele orava por um filho para ajudá-lo em sua missão de pregação. Quando, em 06 de fevereiro de 1874, Bhaktisiddhanta Sarasvati nasceu de Bhaktivinoda e Bhagavati Devi em Jagannatha Puri, os Vaisnavas consideraram que esta era a resposta às orações de seu pai. Ele nasceu com o cordão umbilical enrolado no pescoço, posto sobre o peito, assim como o cordão sagrado usado pelos brahmanas.
Seis meses depois que a criança nasceu, Bhaktivinoda fez os arranjos para a cerimônia annaprasana que seu filho se submeteria, com a prasada de Vimala Devi, e, sendo posteriormente nomeado de Bimala Prasada. Na mesma época, os carros do festival do Senhor Jagannatha pararam no portão da residência de Bhaktivinoda e durante três dias não pode ser movido. A esposa de Bhaktivinoda Thakura trouxe a criança para o carro e se aproximou da deidade do Senhor Jagannatha. Espontaneamente, a criança estendeu os braços e tocou os pés do Senhor Jagannatha e foi imediatamente abençoada com uma guirlanda, que caiu do corpo do Senhor. Vendo isso, os sacerdotes cantaram o nome de Sri Hari e disseram à mãe da criança que o menino certamente se tornaria um grande devoto. Quando Bhaktivinoda Thakura soube que a guirlanda do Senhor havia caído sobre seu filho, ele realizou que este era o filho pelo qual ele havia orado.
Bimala Prasada ficou em Puri por dez meses após seu nascimento e, em seguida, foi para Bengala por intermédio de um palanquim no colo de sua mãe. Ele passou sua infância em Ranaghat, distrito de Nadia, ouvindo tópicos sobre Sri Hari no colo de sua mãe.
Bhaktivinoda e sua esposa eram ortodoxos e virtuosos; eles nunca permitiam que seus filhos comessem qualquer coisa que não fosse prasada, nem se associassem com más companhias. Um dia, quando Bimala Prasada ainda era uma criança com cerca de quatro anos, seu pai o repreendeu por comer uma manga ainda não devidamente oferecida ao Senhor Krisna. Bimala Prasada, embora fosse apenas uma criança, considerava-se um ofensor ao Senhor e jurou nunca mais comer mangas novamente. (Este foi um voto que ele seguiria por toda sua vida.) No momento que Bimala Prasada tinha sete anos de idade, ele já havia memorizado todo o Bhagavad-gita e até poderia explicar os seus versos. Seu pai então começou a treiná-lo no trabalho de revisão e impressão, juntamente com a publicação da revista Vaisnava Sajjana-Tosani.
Em 1881, no curso de escavação para a construção do Bhakti bhavana em Rambagan, Calcutá, uma Deidade de Kurmadeva foi desenterrada. Depois de iniciar o seu filho de sete anos, Bhaktivinoda confiou a Bimala o serviço à Deidade de Kurmadeva.
Em 01 de abril de 1884, Bhaktivinoda foi nomeado o Deputado Magistral mais antigo de Serampore, onde admitiu Bimala na escola de Serampore. Quando Bimala ainda era um mero estudante da quinta série, ele inventou um novo método de escrita chamado Bicanto. Durante este período, ele teve aulas de matemática e astrologia do Pandita Mahesacandra Cudamoni. No entanto, ele preferia ler livros devocionais, em vez de textos escolares.
Em 1892, depois de passar no exame de admissão, Bimala foi aceito na Universidade de Sânscrito em Calcutá. Lá, ele passava um tempo considerável na biblioteca estudando vários livros de filosofia. Ele também estudou os Vedas sob a orientação de Prthvidhara Sarma. Como estudante, ele contribuiu com muitos artigos essenciais para diversas revistas religiosas. No entanto, ele não continuou com seus estudos universitários por muito tempo.
Em 1897, ele começou independentemente uma Catuspathi (escola sânscrito) de onde vinham revistas mensais intituladas “Jyotirvid”, “Brihaspati”, e muitos tratados antigos sobre astrologia foram publicados. Em 1898, enquanto lecionava no Sarasvata Catuspathi, estudou Siddhanta Kaumudi sob a guia de Prthvidhara Sarma, em Bhakti bhavana. Até o momento em que tinha vinte e cinco anos, tornou-se versado em sânscrito, matemática e astronomia, e estabeleceu-se como o autor e editor de muitos artigos de revistas de um livro antigo, Surya-siddhanta, recebendo o título de “Siddhanta Sarasvati”, em reconhecimento à sua erudição.
Em 1895 Sarasvati Gosvami foi aceito no serviço do Governo Real de Tripura como um editor para a biografia intitulada Rajaratnakara, as histórias de vida da linhagem real do independente Reinado Tripura. Mais tarde, lhe foi confiada a responsabilidade de educar o Yuvaraja Bahadur e Rajkumar Vrajendra Kisore, em bengali e sânscrito.
Depois de um curto período de tempo, Siddhanta Sarasvati assumiu a responsabilidade de inspecionar várias atividades em curso no palácio real para o estado de Tripura. No entanto, depois de se deparar com inveja, maldade e corrupção em todos os cantos de sua inspecção, Siddhanta Sarasvati muito rapidamente desenvolveu uma aversão para com assuntos do Estado e notificou a sua intenção de retirar-se para Maharaja Radhakisor e Manikya Bahadur. O Maharaja aprovou os planos de Siddhanta Sarasvati de renúncia e lhe concedeu pensão completa. No entanto, depois de três anos Siddhanta Sarasvati também renunciou à sua pensão. Com seu pai, ele visitou muitos tirthas (locais sagrados) e ouviu discursos dos panditas eruditos. Em outubro de 1898 Siddhanta Sarasvati acompanhou Bhaktivinoda em uma peregrinação em Kasi, Prayaga, Gaya e outros lugares sagrados. No Kasi ocorreu uma discussão com Ramamisra Sastri sobre a sampradaya Ramanuja. Após esta conversa, a vida de Siddhanta Sarasvati transformou-se, sua inclinação à renúncia aumentou, e ele tranquilamente continuou a procurar por um guru.
Quando Siddhanta Sarasvati tinha vinte e seis anos, seu pai, compreendendo a mente de seu filho, o orientou a tomar iniciação de um Santo Vaisnava renunciado, chamado Gaura Kisora Dasa Babaji. Gaura kisora dasa Babaji era a personificação de vairagya (renúncia) e era muito seletivo quanto a conceder diksa (iniciação). Ele vivia debaixo de uma árvore perto das margens do Ganges e usava roupas abandonadas por pessoas que já haviam falecido, junto a um pano na cintura (kaupina). Geralmente, ele comia arroz branco encharcado de água do Ganges, com pimenta e sal. Às vezes ele utilizava potes de barro descartáveis, e depois de lavá-los corretamente ele cozinhava arroz neles, oferecia a Krisna, e em seguida, tomava prasada.
Seguindo o conselho de seu pai, Siddhanta Sarasvati foi até Gaura kisora dasa e implorou-lhe para ser aceito como seu discípulo. Gaura Kisora respondeu que ele não seria capaz de dar diksa a menos que recebesse aprovação do Senhor Caitanya. No entanto, quando Siddhanta Sarasvati retornou, Gaura kisora disse que tinha esquecido de perguntar ao Senhor Caitanya. Na terceira visita, Gaura kisora declarou que o Senhor Caitanya havia dito que erudição é extremamente insignificante em comparação a devoção ao Senhor Supremo.
Ouvindo isso Siddhanta respondeu que este Gaura Kisora era o servo de Kapatacudamani (o enganador Supremo), portanto, ele deveria estar testando Sarasvati por negar seu consentimento. No entanto, Siddhanta Sarasvati permaneceu firmemente determinado e reparou que Ramanuja Acarya tinha sido enviado de volta dezoito vezes antes de finalmente receber a graça de Gosthipurna; assim também ele aguardaria pacientemente até o dia em que Gaura Kisora outorgaria suas bênçãos sobre ele. Vendo o compromisso de Sarasvati, Gaura Kisora ficou impressionado, e deu-lhe diksa no bem-aventurado bosque de Godruma, dizendo-lhe: “Pregue a Verdade Absoluta e deixe de lado todos os outros trabalhos.”
Em março de 1900 Sarasvati acompanhou Bhaktivinoda em uma peregrinação de Balasore, Remuna, Bhuvanesvara, e Puri. Como instruído por Bhaktivinoda, Sarasvati deu palestras sobre o Caitanya Caritamrta com significados profundos. Através da iniciativa de Bhaktivinoda Thakura, o fluxo de bhakti pura novamente começou a inundar o mundo. Depois do desaparecimento do Senhor Caitanya um período de trevas se seguiu, na qual o rio de bhakti havia sido sufocado e estava praticamente seco. O final desse período foi provocado pela pregação destemida de Bhaktivinoda Thakura. Ele escreveu uma série de livros sobre o siddhanta de suddha-bhakti (devoção pura) e publicou vários periódicos religiosos. Ele inspirou muitos a receber o serviço ao Senhor Gauranga e fundou vários Nama- hattas e Prapanna-ashram (centros Gaudiya Matha).
Em 1905 Siddhanta Sarasvati fez um voto de cantar o mantra Hare Krisna um bilhão de vezes. Residindo em Mayapur em uma cabana feita de grama, próximo ao local de nascimento do Senhor Caitanya, ele cantava o mantra dia e noite. Ele cozinhava arroz uma vez por dia em um pote de barro e não comia nada mais; ele dormia no chão, e quando a água da chuva vazava através do teto de grama, ele se sentava debaixo de um guarda-chuva, cantando.
Em 1912, Manindra Nandi (o Maharaja de Kasimbazar) organizou a celebração de um grande Vaisnava Sammilani em seu palácio. A pedido específico do Maharaja, Sarasvati Gosvami participou do Sammilani e proferiu quatro breves discursos sobre suddha-bhakti em quatro dias consecutivos. No entanto, ele não tomou qualquer alimento durante o Sammilani por causa da presença de vários grupos de sahajiyas. Após jejum de quatro dias, Sarasvati Gosvami veio a Mayapura e tomou a prasada do Senhor Caitanya. Mais tarde, quando Maharaja Manindra Nandi percebeu o que tinha acontecido, ele se sentiu profundamente ofendido e veio a Mayapura para pedir desculpas a Siddhanta Sarasvati.
Durante esse tempo a Bengala estava cheia de seitas sahajiyas, como Aul, Baul, Kartabhaja, Neda-Nedi, Daravesa, Sain etc, que seguiam práticas mundanas em nome do espiritualismo. Siddhanta Sarasvati lançou um forte ataque contra as seitas irreligiosas e não poupou ninguém que não seguisse os ensinamentos do Senhor Caitanya. Mesmo algumas pessoas conhecidas que ostentavam o sobrenome de Gosvamis patrocinavam essas seitas sahajiyas durante esse período.
Siddhanta Sarasvati ficou profundamente entristecido ao ver esses grupos de sahajiyas prakrita, com o aspecto de gurus paramahamsa Gosvami, enganando o povo. Assim, ele se dissociou completamente e passou a realizar um bhajana solitário. Certa vez, durante esse período de solidão, o Senhor Caitanya junto aos seis Gosvamis, se manifestou repentinamente diante da visão de Siddhanta Sarasvati e disse:
“Não desanime! Assuma a tarefa de restabelecer o varnasrama com novo vigor e pregue a mensagem de amor de Sri Krisna por toda parte!”
Depois de receber esta mensagem, Sarasvati Gosvami estava cheio de inspiração para pregar as glórias do Senhor Caitanya com muito entusiasmo!
Em 1911, enquanto seu velho pai estava adoecido de cama, Siddhanta Sarasvati assumiu o desafio contra os pseudo Vaisnavas que alegavam que o nascimento em detreminada casta era o pré-requisito para pregar a consciência de Krisna. A comunidade de brahmanas tornara-se indignada com a apresentação que Bhaktivinoda Thakura fez de muitas provas bíblicas de que qualquer pessoa, independentemente de nascimento, poderia tornar-se um brahmana-Vaisnava. Estes smarta brahmanas, para provar a inferioridade dos Vaisnavas, organizaram uma discussão. Em honra ao seu pai indisposto, o jovem Siddhanta Sarasvati escreveu o ensaio: “A Diferença Conclusiva entre o Brahmana e o Vaisnava”, e o apresentou diante de seu pai. Apesar de sua saúde debilitada, Bhaktivinoda Thakura estava exultante em ouvir os argumentos que derrotariam perfeitamente o desafio dos smartas.